Description

使用Nanostring公司的nSolver软件处理nCounter基因表达数据，是否需要background correction，以及使用哪种方法。

本文全部参考nSolver官方文献和视频：

下文称“手册”：Gene_Expression_Data_Analysis_Guidelines.pdf：https://www.nanostring.com/download_file/view/251/3842

下文称“视频”：https://www.youtube.com/watch?v=AXAPR44zitQ

1，默认是不需要background correction的。

是的，你没有看错，“手册”和“视频”都强调了，这一点非特异杂交（即negative对应的值）对基因表达的影响是微乎其微的，基本不影响fold change等计算。因此nanostring是不推荐做background correction的。

手册：“Typically, we do not recommend correcting for non-specific counting since true counts for most mRNA targets will far outnumber false positives, and thus the effects of the latter on fold-change estimates will be negligible. ”

那么什么情况下需要做background correction呢？

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