Description

Nanostring公司的nCounter平台，是用于测定的数十个到800个基因表达的方法。nCounter的数据有着自己独特的处理方法，不同于普通的基因表达芯片和RNA seq的标准化方法。虽然有第三方开发了R和其他的处理方法，我们仍然相信Nanostring公司自己的处理方法是最可靠的。 下面就介绍一下如何使用该公司的nSolver软件进行导入、处理和标准化数据。

1，首先是安装nSolver软件和下载测试数据，都在如下链接找到

https://www.nanostring.com/products/analysis-software/nsolver
nSolver下载：在Getting Started栏目下
测试数据下载在：Support Documents >> Sample Data Sets
重要：详细的数据分析说明（Gene_Expression_Data_Analysis_Guidelines.pdf）：https://www.nanostring.com/download_file/view/251/3842

安装软件，下载和解压数据后，我们要使用的nCounter数据路径如下：
\Sample Data\nCounter Assay specific example data\RNA_Protein sample data

2， 启动nSolver， 导入rlf（样本信息）和RCC（样本基因表达值）数据

视频教程参见：https://www.youtube.com/watch?v=CjKCHIqN7z8
首先，点击这个RLF按钮，导入rlf文件。这个rlf用于advanced analysis。没有的话也可以。

然后，点击这个RCC按钮，导入rcc文件。

如果之前导入了rlf文件，这里的Codeset Loaded会画钩标记。其他都默认值就可以，不需要更改。

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